Variante Omicron : pourquoi circule-t-elle en Afrique du Sud ?

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Annoncée pour la première fois par l’Afrique du Sud à l’OSS en novembre 2021, la variante Omicron circule activement dans le pays. En quelques semaines, il est étendu à tous les continents.

C’est le pays africain le plus touché par le Covid-19. C’est aussi le pays qui a découvert la variante Omicron sur sa semelle. Le 25 novembre dernier, l’alerte sud-africaine a notifié l’Organisation mondiale de la santé l’identification d’une nouvelle variante du Covid-19. Une variante qualificative de “préoccupé” par l’OMS. Trois jours plus tard, la variante avait été détectée dans le pays voisin du Botswana.

Une contamination sans précédent

L’Afrique du Sud a dépassé la semaine dernière les 3 millions de contaminations au Covid-19. En une semaine, le nombre d’infections quotidiennes a été multiplié par cinq par cette 4e vague. Le taux de positivité du test est de 25 % contre 2 % seulement toutes les deux semaines. La variante Omicron se développe deux fois plus vite que la variante Delta, déjà hautement transmissible, selon des chercheurs sud-africains. “Nous sommes confrontés à un taux de contamination sans précédent depuis le début de la pandémie”, a déclaré le président sud-africain Cyril Ramaphosa.

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Une vaccination faible

Environ 14,8 millions de Sud-Africains ont été complètement vaccinés, soit 25 % de la population. En début de semaine, le président du pays a lancé un appel général à la vaccination : “J’appelle tous les Sud-Africains à se faire vacciner sans se présenter”, a affirmé Cyril Ramaphosa. Pour accélérer la protection de la population, des centres de vaccination sont ouverts depuis le week-end dernier dans les centres commerciaux, les centres sportifs ou les églises.

Une capacité de renforcement

Omicron sera trois fois plus susceptible de réinfecter des personnes ayant déjà contracté le Covid-19, des patients souvent non vaccinés, selon une première étude publiée jeudi 2 décembre, qui n’a pas encore été rendue publique par la communauté scientifique.

Petite mort

Malgré la très forte circulation de la variante Omicron, l’Afrique du Sud enregistre peu de décès la semaine dernière. Seuls les décès dimanche 5 décembre, 9 lundi 6 décembre et 27 mardi 7 décembre. Il convient néanmoins de rester prudent : la population sud-africaine est jeune, elle présente donc moins de risques de formes graves, et les admissions en réanimation survivent plusieurs jours, voire semaines, après l’infection.

Si Omicron se révèle très contagieux, les symptômes resteront plutôt bénins. “Le comportement général que nous observons jusqu’à présent ne montre aucune augmentation de la gravité. En fait, certains endroits en Afrique australienne présentent des symptômes plus légers”, détaille Michael Ryan, chef des services d’urgence de l’OMS.

Au total, le 7 décembre 2021, la pandémie a fait 90 002 morts en Afrique du Sud.

Une origine inconnue

Les scientifiques essaient toujours de retracer les origines du mystère Omicron. Si en Europe la variante Delta est à l’origine du 5ème parcours vague, cette variante était peu présente en Afrique du Sud. La nouvelle variante a en effet eu lieu dans la plupart des nouvelles provinces.

Omicron “a probablement tourné en Afrique du Sud (…) plus longtemps qu’on ne le pensait, depuis début octobre”, a déclaré vendredi 1er décembre le président du Conseil scientifique au président Jean-François Delfraissy.

Le directeur de l’unité virus et immunité de l’Institut Pasteur, Olivier Schwartz, a une autre hypothèse. En Afrique du Sud, 7 millions de personnes vivent avec le VIH, 19% des adultes âgés de 15 à 45 ans. « Il existe en Afrique du Sud un nombre important de personnes potentiellement immunodéficientes. Or, on sait que des variants peuvent émerger chez ces personnes », détaille Olivier Schwartz dans L’Express.

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